臨床上指的三陰性乳癌(TNBC)，主要是基於病理科對於腫瘤組織的分析報告，’使用免疫組織化學染色發現雌激素受體(ER)、黃體素受體(PR)和HER-2受體的表達狀態呈現陰性的乳癌。

三陰性乳癌是一類在形態學上具有高度異質性的乳癌，以浸潤性導管癌為主，乳癌還包括一些特殊的組織學亞型，例如化生性癌、髓樣癌、分泌型癌、腺樣囊性癌等。雖然從免疫表型上這些組織類型均為乳癌，但是型態學及預後則是有著非常大的差異性。

2011年，學者Lehmann等針對587例三陰性乳癌患者，進行21組基因表達譜資料分析，將三陰性乳癌進一步分為以下6個亞型：

基底樣型1（BL1）、

基底樣型2（BL2）、

間質型（M）、

間質幹細胞型（MSL）、

免疫調節型（IM）、

雄性素受體陽性型（LAR）。

不同三陰性乳癌患者之間，突變負荷存在較大的差異，其中，最常見的為TP53突變（發生率為60-70%），其次為PIK3CA突變（約為10%）。